A seleção de projetos é realizada através de editais anuais com diversos focos temáticos, e a escolha das instituições apoiadas está determinada por critérios objetivos de avaliação e é realizada por uma comissão integrada por membros do conselho de administração, da diretoria e da equipe técnica do Instituto Rio.
O processo de apoio foi desenvolvido de forma contínua desde o ano de 2003. Até o ano de 2010 foram apoiados projetos voltados principalmente para aquisição de infraestrutura; consolidação da estrutura programática e dos quadros profissionais das organizações, e financiamento de despesas correntes. Desde o ano de 2011 os focos do apoio estiveram centrados no fortalecimento e articulação institucional (2011 e 2012), isto é na promoção da criação de dinâmicas colaborativas através da consolidação de redes parcerias, e na consolidação da Universidade Comunitária da Zona Oeste (2014)
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